من جديد وبعد ما يقرب من 4 سنوات ، عاد محمد يوسف للعمل داخل جدران القلعة الحمراء ، ليشغل تلك المرة منصب الرجل الثانى ، ضمن الجهاز الفنى الجديد ، والذى سيقوده مدير فنى أجنبي ، لم يتم الاعلان عنه حتى الان ، حيث استقر مجلس الاهلى برئاسة محمود الخطيب ، على اسناد مهمة المدرب العام والقائم بمدير الكرة الى محمد يوسف .
وسبق لمحمد يوسف أن شغل منصب الرجل الاول لفريق الكرة بالنادي الأهلي ، بعد ان قام حسام البدرى بتقديم استقالته فى مايو 2013 واستمر بمنصبه لمده موسم حتى قام مجلس محمود طاهر باقالته فى مايو 2014
وخلال مشوار محمد يوسف فى منصب المدير الفنى والذى استمر موسم واحد فقط ، نجح فى تحقيق بطولتين مع المارد الاحمر :
فاز محمد يوسف مع الأهلى ببطولة دورى أبطال أفريقيا موسم 2013 بالتغلب على أورلاندو بيراتس الجنوب أفريقى 2/0، بقدم محمد أبو تريكة وأحمد عبد الظاهر.
وفاز الأهلى تحت قيادة محمد يوسف ، بالسوبر الأفريقى بالتغلب على فريق الصفاقسى التونسى بنتيجة 3/2.
المركز السادس فى كأس العالم للأندية
تعرض الأهلى لهزيمتين فى بطولة كأس العالم للأندية فى الموسم الماضى 2013 على يد جوانزو الصينى بنتيجة 2/0، ومونتيرى المكسيكى بنتيجة قاسية 5/1.